Akcja Edenu osadzona jest w niedalekiej przyszłości (przełom XXI i XXII wieku), w świecie spustoszonym przez tajemniczy wirus (Closure Virus). Epidemia, która zmniejszyła populację Ziemi o co najmniej 15%, zmieniła polityczną i ekonomiczną mapę świata.

Historia opowiadana przez Hirokiego Endo rozciąga się na wiele lat i obraca się wokół postaci dorastającego chłopca Eliaha Ballarda. W tle rozgrywa się walka o światową dominację, podkreślona ciągłą groźbą następnego ataku śmiertelnego wirusa. Większość wydarzeń rozgrywa się w Ameryce Południowej.