Baudolino, czternastoletni chłopski syn, obdarzony bystrym umysłem i fantazją, przyprowadza pod rodzicielski dach zabłąkanego wśród mgieł i moczarów rycerza. Nieznajomym gościem okaże się Fryderyk Barbarossa.

Chłopak zdobywa sympatię cesarza, ten zaś zabierze go ze sobą w świat i pokocha jak syna. Baudolino lubi opowiadać i zmyślać, przy czym jakimś cudem wszystko, co wymyślił, staje się rzeczywistością. I tak któregoś razu, ku pożytkowi przybranego ojca, układa legendarny list księdza Jana; obiecuje w nim zachodniemu światu bajeczne królestwo na Wschodzie, rządzone przez chrześcijańskiego króla.

Fryderyk, wyruszając na wyprawę krzyżową, chce także dotrzeć do mitycznego królestwa. Po jego śmierci, niespodziewanej i tajemniczej, Baudolino kontynuuje wędrówkę, przeżywa niezwykłe przygody i spotyka najdziwniejsze istoty. Swe dzieje opowiada Niketasowi, bizantyjskiemu historykowi, w czasie gdy krzyżowcy plądrują Konstantynopol. Dopiero wtedy zaczyna pojmować rzeczy, których dotąd nie rozumiał.