Na zawartość Encyklopedii Zagrożeń Duchowych składa się ponad sto haseł, ogarniających aspektownie całość problematyki związanej z szeroko rozumianym nurtem gnostyckim - z jego genezą ideową, dziejami i przejawami oraz wpływem na kulturę europejską i chrześcijaństwo. Wpływ ten przybiera postać rozbudowanych ideologii, np. New Age, ruchów sekciarskich i stowarzyszeń oraz praktyk paramedycznych - co, jak zgodnie się podkreśla w diagnozach naukowych w filozofii, teologii i naukach szczegółowych przyrodniczych i społecznych oraz w ocenach natury politycznej - niesie ze sobą ogromne zagrożenie dla współczesnej kultury, promuje bowiem irracjonalizm i pseudonaukowość ().