W szóstym wydaniu Komentarza zostały omówione zmiany legislacyjne o radykalnym lub wręcz przełomowym charakterze, rok 2009 przynosi bowiem poważną nowelizację ustawy. Szczególnie ważne zmiany to te wprowadzające nowe instytucje i rozwiązania, takie jak procedura rozliczenia wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów przy zastosowaniu konstrukcji magazynu konsygnacyjnego czy wprowadzenie, niestety jedynie dla wybranych podatników, możliwości rozliczenia podatku od importu towarów w deklaracji podatkowej.
Do kolejnych zmian należy likwidacja podstawowych sankcji, wydłużenie terminu odliczenia podatku naliczonego, ujednolicenie terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad podatkiem należnym.

Stan prawny: kwiecień 2009