Głównym bohaterem serii jest Himura Kenshin, z charakterystyczną szramą na policzku w kształcie krzyża, znany niegdyś jako Siepacz Battosai - "Krwawa klinga" bezlitośnie mordujacy ludzi. Z nastaniem nowej ery postanowił zostać wędrownym samurajem i obiecał sobie, że już nigdy więcej nie zabije człowieka.
Kenshin śni o dawnych czasach, kiedy to walczył z tzw. Wilkami z Mibu, rojalistami ówczesnego rządu. Walki te nigdy nie zostały jednoznacznie rozstrzygnięte, szanse były wyrównane. Pewnego dnia do Kamiya Dojo przybywa Goro Fujita, podający się za wędrownego sprzedawcę leków. Jednak Sanosuke, nowy uczeń szkoły, szybko orientuje się, że przybysz jest tak naprawdę szermierzem i poszukuje Battosaia. Wywiązuje się między nimi walka. Przybysz rani Sanosuke i odchodzi. Okazuje się, że Goro należy do starych Wilków z Mibu, którzy nigdy nie zapomnieli dawnego siepacza...