Historia ta zaczyna się w dalekich Indiach.
Mieszka tam ze swoimi rodzicami Mary Lennox, niezbyt sympatyczna i bardzo rozpieszczona przez służące dziewczynka. Pewnego dnia wybucha cholera, która zabiera wszystkich, którzy się opiekowali Mary i spełniali wszystkie jej zachcianki. Zostaje na świecie sama i po raz pierwszy naprawdę się boi. Okazuje się jednak, że zaopiekuje się nią mieszkający w Anglii wuj, dziwak i samotnik. Mary jedzie więc do jego domu w Misselthwaite, a tam spotyka chłopca jeszcze mniej sympatycznego od niej, a jeszcze bardziej nieznośnego i rozpieszczonego.
Co wyniknie z tego spotkania i co ma z tym wspólnego tajemniczy ogród, dowiesz się z tej pięknej i mądrej książki.