Młody jezuita Héctor, nauczyciel fizyki w jezuickim liceum, ma dwie pasje: astronomię i Manuskrypt Voynicha. Pierwszą usiłuje zaszczepić swoim uczniom, organizując np. całonocne obserwowanie nieba przez teleskop. Drugą pasję realizuje wspólnie z angielskim astrofizykiem Johnem i śliczną meksykańską informatyczką Juaną, której uroda nie pozostawia go obojętnym. To międzynarodowe trio próbuje odczytać Manuskrypt Voynicha tajemniczą księgę spisaną w nieznanym języku pięć wieków temu, która przez wiele lat była w posiadaniu jezuitów i być może nawet została przez nich rozszyfrowana, lecz jej przesłanie nadal pozostaje tajemnicą. Héctor, Juana i John tropią pozostawione przez jezuitów ślady, które mogą wskazywać na miejsce ukrycia księgi kodowej, stanowiącej niegdyś integralną część rękopisu. Wszyscy troje są bardzo zaangażowani w poszukiwania, choć kierują się różnymi, nie zawsze szlachetnymi pobudkami. Kontaktują się ze sobą głównie przez Internet.