Madoka Kaname jest zwykłą, niewyróżniającą się z tłumu, dziewczyną - ma kochającą rodzinę, grono dobrych przyjaciół, chodzi do gimnazjum, miewa w życiu gorsze i lepsze dni. Wszystko zmienia się, gdy spotyka Kyubeya -dziwne, kotopodobne stworzonko, które proponuje jej pewien układ: ono spełni jedno jej życzenie (jakie by ono nie było), a ona zacznie walczyć z wiedźmami jako... czarodziejka.
Jednak czy naprawdę jest to takie proste? Jaką cenę trzeba zapłacić za zawarcie takiego kontraktu? I jaki związek z pojawieniem się Kyubeya ma tajemnicza dziewczyna, która przeniosła się do klasy Madoki?