Zbiory Starej Pinakoteki powstały dzięki kolekcjonerskiej pasji kilku linii i kilku pokoleń panującego w Bawarii rodu Wittelsbachów, jednego z najstarszych rodów niemieckich. Na losy kolekcji miały wpływ rozmaite czynniki: zainteresowanie lub brak zainteresowania poszczególnymi malarzami czy szkołami, moda i osobiste upodobania kolekcjonerów, na koniec zwykły przypadek.
Istotną rolę odegrały również wydarzenia historyczne: wojny, sekularyzacja, przejście władzy do innej linii rodu, kiedy zabrakło spadkobiercy. Tych, którzy stworzyli podwaliny zbiorów, interesowało malarstwo im współczesne. W wieku XVII kolekcjonerzy zachwycali się artystami włoskimi poprzedniego stulecia i malarstwem barokowym, zapomnieli o własnych artystach czasów wcześniejszych, a malarzy włoskich i niderlandzkich XV wieku nie znali.
Dopiero na początku XIX wieku, w epoce romantyzmu, na fali powszechnego zainteresowania średniowieczem zwrócili się ku malarstwu niemieckiemu z czasów przed Dürerem i ku wczesnemu malarstwu niderlandzkiemu. Trzeba tu wspomnieć o nabytej przez Ludwika I kolekcji Boisserée, składającej się wyłącznie z dzieł ?starych? twórców niderlandzkich i niemieckich. Pod koniec XIX wieku zwrócono uwagę na sztukę późnego renesansu i manieryzmu. Malarze francuscy i hiszpańscy nie cieszyli się większymi względami, a najcenniejsze nabytki malarstwa tych szkół pochodzą z XX wieku. Tworzenie kolekcji zapoczątkowali w 1528 roku książę Wilhelm IV von Wittelsbach (panował 1508?1550) i jego małżonka księżna Jacobaea von Baden.
Postanowili ozdobić Lusthaus, letni pawilon w ogrodzie Rezydencji, serią obrazów o tematyce biblijnej i historycznej, które sławiłyby heroiczne czyny wybitnych mężów i cnoty niezwykłych kobiet. Pracowali nad tą serią najznamienitsi ówcześni artyści niemieccy, reprezentujący główne ośrodki artystyczne południowych Niemiec: Albrecht Altdorfer (Ratyzbona), Hans Burgkmair starszy i Jörg Breu (Augsburg), Barthel Beham (Norymberga), Melchior Feselen, Abraham i Hans Schöpferowie (Monachium) i inni. W 1529 roku Altdorfer ukończył swe słynne arcydzieło Bitwa Aleksandra, pierwszy obraz kolekcji. Cały cykl, składający się z 16 obrazów, był gotowy około 1540 roku. Do dziś zachowało się 14 tych obrazów? 11 znajduje się w jednej z sal Pinakoteki, 3 są w Muzeum Narodowym w Sztokholmie.