U kresu ludzkości jeden człowiek chwyta za stery srebrnobiałej maszyny bojowej. Tajemnicza rasa pustelniaków zniszczyła system słoneczny. Jedyną nadzieją niedobitków z Ziemi stała się kosmiczna wędrówka na pokładzie Sidonii, ogromnego międzygwiezdnego statku-arki. Kiedy jednak zagrożenie ze strony pustelniaków pojawia się znowu, Nagate Tanikaze, młody kadet wychowany w podziemiach Sidonii, zasiada za sterami legendarnej gwardy i rozpoczyna walkę nie tylko o własne życie, ale również o los całego ludzkiego gatunku.