Odkąd ojciec Owena zmarł w więzieniu, oskarżony o przestępstwo, którego nie popełnił, życie chłopca nie układa się jak trzeba. Owen zyskuje szansę przywrócenia ojcu dobrego imienia dzięki nauczycielowi informatykowi, który udostępnia mu Animusa urządzenie pozwalające przenieść się do wspomnień genetycznych zapisanych we własnym DNA. Podczas symulacji Owen odkrywa istnienie Trójzębu Edenu starożytnego artefaktu, znanego tylko z legend. Odtąd asasyni i templariusze nie cofną się przed niczym, by zdobyć ten bezcenny przedmiot. Żeby wyjść z tego cało, chłopiec musi znaleźć go jako pierwszy. Owen wraz z grupą przyjaciół przenosi się do wspomnień zapisanych w ich własnych kodach genetycznych. Trafiają w sam środek nowojorskich protestów przeciw przymusowemu poborowi w 1863 roku, a następnie do imperium Azteków podbijanego przez Hernána Cortésa. Będą musieli się sprawdzić w tych bezwzględnych czasach, a ich doświadczenia z przeszłości wywrą ogromny wpływ na teraźniejszość.