Sherlock Holmes ma godnych następców! Nastolatkowie Jupiter Jonas, Pete Crenshaw i Bob Andrews to Trzej Detektywi wykorzystujący wiedzę, dedukcję i sprawność fizyczną do demaskowania zła. Ich doradcą jest prawnuk słynnego detektywa, emerytowany pracownik Scotland Yardu, Andy Chandler. Książki o przygodach Trzech Detektywów tworzą jedną z najpopularniejszych serii detektywistycznych na świecie podziwianą przez młodych Czytelników w Ameryce, Europie i Azji. Tajemnica Rafy Rekina Trzej Detektywi towarzyszą ojcu Boba przy robieniu reportażu o protestach, jakie wywołała budowa nowej platformy naftowej na Rafie Rekina. Na miejscu, dowiadują się o zaginionej przed laty japońskiej łodzi podwodnej, której załoga odnotowała w dzienniku pokładowym istotną tajemnicę. Chłopcy postanawiają wydobyć dziennik z wraku łodzi znajdującego się na dnie oceanu.