Zadaniem Wileńskiej encyklopedii 1939-2005 jest przekazanie Czytelnikowi jak najwięcej wiedzy o Wilnie i Ziemi Wileńskiej z okresu od jesieni 1939 do 2005 roku, kiedy to Wilno i Wileńszczyzna odeszły od Rzeczypospolitej Polskiej, ale na tym terenie pozostały ślady polskie, a przede wszystkim ludność polska, ściśle od wieków związana z Macierzą - Polską, z polską historią i kulturą. Niniejsza Encyklopedia jest niejako kontynuacją wydawanej od 2000 roku przez L.J. Malinowskiego w Bydgoszczy w układzie tematycznym Encyklopedii Ziemi Wileńskiej od XVI w. do 1945 r., której zadaniem jest zarejestrowanie osób znanych i zasłużonych dla Wilna i Ziemi Wileńskiej oraz ukazanie różnych instytucji i zjawisk historycznych na przestrzeni kilku wieków w Wilnie i na Wileńszczyźnie. Prezentowana Wileńska encyklopedia 1939-2005 rejestruje przede wszytkim Polaków zamieszkałych w Wilnie i na Wileńszczyźnie, ich działalność oraz instytucje społeczne i polityczne, edukacyjne, kulturalne, sportowe i religijne, jak również ukazuje mieszkańców Wilna i Wileńszczyzny innych narodowości, związanych z Wilnem i życiem społecznym Polaków wileńskich w działalności dla nich przyjaznej, pozytywnej, jak i tych, którzy nieraz działali na szkodę dla rozwoju oświaty i kultury polskiej na tym terenie. Ponadto w Encyklopedii przedstawiono najstarsze dzielnice miasta, ważniejsze zabytki: kościoły, cerkwie, pałace oraz inne godne uwagi architektoniczne obiekty; podano opisy różnych miejscowości obecnej Wileńszczyzny wraz z ich historią i zabytkami. To najbardziej wyczerpujące źródło wiedzy o Wilnie i jego mieszkańcach.