Podobnie jak w Sklepach cynamonowych, głównym bohaterem i jednocześnie narratorem Sanatorium pod klepsydrą jest Józef, noszący wyraźne podobieństwo do samego autora. Centrum świata Józefa, dojrzewającego nastoletniego chłopca, stanowi małe prowincjonalne miasteczko, w którym można dostrzec współczesny Schulzowi, galicyjski Drohobycz.
Rzeczywistość opowiadań swobodnie miesza się z fantastyką. Przedmioty nabierają właściwości istot żywych, zwierzęta uzyskują cechy ludzkie, banalne czynności podnoszone są do rangi mitu. Mit ten ma na celu zachowanie, utrwalenie odchodzącego świata dającego bohaterowi oparcie i bezpieczeństwo. Opoką trwałości jest z jednej strony dom rodzinny i prowadzony przez schorowanego ojca sklep, z drugiej chyląca się ku upadkowi C.K. monarchia. Młodego Józefa szczególnie fascynuje Ojciec, postać wieloznaczna, funkcjonująca na pograniczu świata żywych i umarłych.