Po ocaleniu Aurory i ludności Corinair nadszedł czas na odpoczynek, odbudowę zniszczeń i zawarcie nowych sojuszy. Chwila spokoju nie trwa jednak długo i wkrótce kapitan Nathan Scott i jego załoga, uzupełniona o nowych rekrutów spośród Corinari, muszą znów stawić czoła siłom Imperium Ta'Akarów. Podbita dekady wcześniej cywilizacja z pomocą Ziemian stara się odzyskać utracony honor i stawić czoła tyranom.
Mimo że nowo zawiązany sojusz dysponuje znacznie mniejszymi siłami, dzięki ziemskiemu napędowi skokowemu efekt zaskoczenia wciąż jest po jego stronie. Wróg ma jednak w zanadrzu kilka niespodzianek