Na przełomie XIX i XX wieku przedstawiciele trzech wybitnych rodzin zamieszkujących Gotham postanowili stworzyć nową panoramę rozwijającego się miasta. Teraz szaleniec dysponujący sporą ilością materiałów wybuchowych i pałający pragnieniem zemsty za czyny, do których doszło ponad sto lat temu, grozi, że zniszczy całe miasto. Tajemnicza postać znana jako Architekt zaczyna od jednoczesnego wyburzenia trzech najstarszych mostów w Gotham. Bierze na celownik budynki związane z dziedzictwem najbardziej znanych mieszkańców tego miasta, w tym Bruce'a Wayne'a. Aby poznać motywy Architekta i jego związki z ponurą przeszłością Gotham, Batman musi zwrócić się o pomoc do Robina, Red Robina oraz Black Bat (postaci, która w ramach programu Batman Incorporated działa w Hongkongu). Czy uda im się wyśledzić nowego złoczyńcę, zanim ten ukończy swój wielki projekt? A może potężna eksplozja zakończy istnienie dumnej metropolii?