Profesor X nie żyje! Alternatywny świat, który powstał w następstwie tej tragedii, jest mroczną dystopią rządzoną przez wiecznego Apocalypse'a i jego akolitów. Liczy się w nim jedynie przetrwanie najsilniejszych mutantów, ludzkość zaś skazana jest na wyginięcie.
X-Men nie zamierzają się jednak poddać. Ich przywódca - Magneto - wierzy, że uda mu się przywrócić pierwotną rzeczywistość, jeśli tylko członkowie drużyny zgromadzą wszystkie elementy jego szalonego planu... nawet kosztem ich własnego życia! Co więcej, kiedy w szeregach Apocalypse'a pojawia się zdrajca, wydaje się, że X-Men zyskali przewagę, o której wcześniej nie śnili. Lecz nawet sukces, jakim okazał się wielki przerzut niedobitków ludzkości z Ameryki do Europy, w mgnieniu oka staje się odległym wspomnieniem, gdy szalony despota postanawia wziąć sprawy w swoje ręce i przypuścić niszczący atak na bazę buntowniczych mutantów.
Era Apocalypse'a: Wojna to przedostatni tom przełomowej dla uniwersum mutantów historii z lat dziewięćdziesiątych i prawdziwa wizytówka największych talentów pracujących w amerykańskiej branży komiksowej tamtych lat.
Album zawiera materiały opublikowane pierwotnie w zeszytach X-Man #2, X-Calibre #3, Factor X #3, The Astonishing X-Men #3, The Amazing X-Men #3, X-Man #3, Weapon X #3, Generation Next #3 oraz Gambit and the X-Ternals #3.