Pan Samochodzik i Kapitan Nemo jest powieścią sensacyjno-przygodową należącą do kanonu polskiej literatury młodzieżowej. Powieść wpisuje się jako piąta część do piętnastotomowego cyklu książek o Panu Samochodziku, charyzmatycznym historyku sztuki, detektywie, wytrawnym kierowcy i przyjacielu harcerzy w jednej osobie. W Kapitanie Nemo Pan Samochodzik poszukuje dzieł sztuki zrabowanych pod koniec II wojny światowej przez wycofujących się z Mazur Niemców. Wbrew wcześniejszym przypuszczeniom okazuje się, że ciężarówka z bezcennym ładunkiem najprawdopodobniej nie opuściła Pojezierza Mazurskiego. Ślad po niej urywa się nad jeziorem Jeziorak.
Czy panu Tomaszowi uda się odnaleźć skradzione eksponaty muzealne? Nad Jeziorakiem dochodzenie mocno się komplikuje, zwłaszcza z powodu wrogiej bandy Czarnego Franka terroryzującej tutejszą ludność i wakacyjnych turystów, a także niepokojącego kapitana Nemo próbującego zaprowadzić własny porządek w okolicy i tajemniczego Kaznodziei, zwanego Fałszywym Ornitologiem. Rozpoczyna się kolejna trzymająca w napięciu mazurska przygoda Pana Samochodzika, w której uczestniczy także młodzież, między innymi harcerze Wilhelm Tell i Baśka.