David Webb, dawny agent o kryptonimie Jason Bourne wykonujący tajne misje dla rządu Stanów Zjednoczonych, wiedzie spokojny żywot jako profesor lingwistyki na Uniwersytecie Georgetown, jednak już niebawem upomni się o niego przeszłość. Gdy na terenie uniwersyteckiego campusu strzela do niego tajemniczy snajper, Webb jedzie do rezydencji przyjaciela i mentora z CIA, Alexa Conklina, licząc, że ten pomoże mu w rozwiązaniu zagadki. Za późno. Conklin oraz psycholog Morris Panov, który pomagał Bourneowi odzyskać utraconą pamięć, nie żyją. Kilka minut później w domu Conklina zjawia się policja. Wrobiony w morderstwo, były agent musi uciekać nie tylko przed CIA i policją całego świata, ale również niebezpiecznym zabójcą imieniem Chan, który z nieznanego powodu chce go zlikwidować.

Podążając tropem znalezionej w domu Conklina kartki, na której przyjaciel zapisał tajemniczą nazwę NX 20, Bourne odkrywa, że śmierć mężczyzn ma związek ze zniknięciem doktora Schiffera prowadzącego tajne badania nad nową bronią biologiczną. Ślady prowadzą do Rejkiawiku, gdzie trwają przygotowania do konferencji poświęconej walce z terroryzmem. Ale nie tylko Bourne wybiera się do stolicy Islandii, na skalistą wyspę leci również Stiepan Spalko, węgierski milioner i prezes międzynarodowej organizacji humanitarnej Humanistas, zaraz za nim zaś grupa czeczeńskich rebeliantów, których szanowany filantrop zwerbował do tajnej operacji.